Mensaje de David Puente indicando cómo lo hizo (adjuntó vídeo):

Con diferentes KAFs se puede trabajar con diferentes marcas sin problemas ni limitaciones.
Descripción de lo realizado en el vídeo:

• David ha creado una segunda integración de kaltura en ultra (con otro KAF supongo)
• Crea dos marcas https://marca1.elearningmedia.es/ultra/course y https://marca2.elearningmedia.es/ultra/course 
• dpuente en marca 1 y dpuenteb en marca 2 son usuarios con rol profesor
• En cada marca hay un curso: curso marca1, curso marca2
• En administrador > tools desactiva la herramienta y lo pone sin candado en toda la instutución
• En administrador > jerarquía, en cada una de las marcas va a tools y activa la herramienta correspondiente con el candado. La otra herramienta queda desactivada y con candado.
• Los cursos tienen que estar en cada marca. Si pertenece a otra marca, no se ve kaltura.

En la marca 2 dpuenteb ve todas las herramientas, las de la marca 1 y la 2