Basándonos en cosas que nos han ocurrido y diversos posts de la comunidad de administradores de Learn.

• Por favor, considera cuidadosamente cómo implementar los cambios de nombre legales de las personas, para que no resulte en un usuario duplicado.
• Deja siempre tus integraciones normales con la configuración del endpoint de borrado en Deshabilitar. No lo cambies a Eliminar. Puede ocurrir que se lance una integración con datos erróneos y, si se permite el borrado, estaríamos ante una catástrofe.
  Si necesitas borrar por integración, create una integración únicamente para esto, y cuando acabes de usarla, vuelve a cambiar la configuración a Deshabilitar para evitar sorpresas ingratas.
• Usa distintos Orígenes de datos 
• Archiva y guarda tus archivos de carga al menos por un tiempo. Es más sencillo dar soporte si puedes pasar al equipo el archivo utilizado para la carga que causó el problema. Learn no guarda una copia de los mismos.
• Asume que, en algún momento, alguien meterá la pata y enviará un archivo de carga que desactivará miles de usuarios, cursos o inscripciones. Planifica bien cómo piensas gestionar la situación y solucionarla. (Si tienes el archivo de carga es mucho más fácil de deshacer).
• Se consistente con los separadores y formato de los archivos. Así es más fácil hacerlo bien a la primera.
• Recuerda que los nombres de usuario no respeta las mayúsculas mientras que la clave externa sí. 

Inspirado por un post de John Walthall en Community